<b>木材性质变异的遗传基础</b>

<p dir="ltr">phenotypes.xlsx：共有10个指标，主要用于组间方差分析（ANOVA），每个记录有3个重复</p><p dir="ltr">xpclr：通过使用xpclr v1.0分析获得的结果</p><p dir="ltr">combined_sift_results_FINAL_UNCOMPRESSED_SIFTannotations：Sift4G注释数据的风险分析<br></p><p dir="ltr">anova_results_summary：10变量组间方差分析（ANOVA）</p><p dir="ltr">文章中的L1–L13对应数据集中的L1、L14、L15、L14、L18、L19、L7、L8、L9、L22、L11、L23和L13。</p><p dir="ltr">PLINK v1.9：用于SNP质量控制和种群结构分析。IQ-TREE v2.3.6：用于构建最大似然系统发育树，进一步阐明13个群体之间的系统发生关系，并结合PCA结果，识别出SWP和CWP两个亚群。ModelFinder：作为IQ-TREE的补充模块，用于自动选择树构建中最优核苷酸替代模型。XP-CLR：本研究旨在进行全基因组扫描分析，比较上等木材属性组与普通木材属性组之间的差异，旨在识别基因组中受选择影响的区域。最终，确定了候选人遴选地区中排名前5%的地区。SIFT4G_Create_Genomic_DB：建立基于霍金梭菌参考基因组和蛋白质序列的物种特异性SIFT数据库，为后续有害非同义突变预测做准备。SIFT4G：为评估XP-CLR候选窗口内非同义SNP对蛋白质结构和功能的潜在影响，SIFT<评分为0.05的变异被定义为有害变体，并通过选择信号交叉筛查这些变异识别核心候选基因。FuzDrop：评估Ch07G001665蛋白的液相分离趋势，并确定其是否具有强的LLPS势。TargetP 2.0：用于进一步预测PPR1和PPR4的N端运输肽和细胞器靶向信号，帮助判断它们是叶绿体蛋白还是线粒/质粒相关蛋白。DeepLoc 2.1：用于预测候选蛋白在亚细胞中的定位。AlphaFold3：利用PAE矩阵预测Ch07G001665蛋白的三维结构并评估局部结构特征。IUPred3：预测候选基因Ch07G001665编码的蛋白质内在无序区域，并判断其是否表现出典型的IDP特征。</p>